在处理特殊的JSON数组时，array_merge函数可能会遇到一些问题。特殊的JSON数组是指具有相同索引的多维数组。在这种情况下，array_merge函数将会覆盖相同索引的值，而不是将其合并为一个新的数组。

以下是一个解决方法的代码示例：

// 原始的特殊JSON数组
$json1 = '{
  "fruits": {
    "apple": "red",
    "banana": "yellow"
  }
}';

$json2 = '{
  "fruits": {
    "orange": "orange",
    "banana": "green"
  }
}';

// 解析JSON字符串为关联数组
$array1 = json_decode($json1, true);
$array2 = json_decode($json2, true);

// 递归合并两个特殊JSON数组的函数
function recursiveArrayMerge($array1, $array2) {
    foreach ($array2 as $key => $value) {
        if (is_array($value) && isset($array1[$key]) && is_array($array1[$key])) {
            $array1[$key] = recursiveArrayMerge($array1[$key], $value);
        } else {
            $array1[$key] = $value;
        }
    }
    return $array1;
}

// 合并两个特殊JSON数组
$result = recursiveArrayMerge($array1, $array2);

// 将合并结果转换回JSON字符串
$jsonResult = json_encode($result);

// 输出合并结果
echo $jsonResult;

这段代码中定义了一个名为recursiveArrayMerge的函数，该函数用于递归地合并两个特殊的JSON数组。它会遍历数组2的每个键值对，如果对应的键在数组1中也存在且值都是数组，就递归调用自己来合并子数组。否则，直接将值赋给数组1。

最后，将合并结果转换回JSON字符串，并输出结果。

请注意，这段代码假设特殊的JSON数组只有一层嵌套。如果特殊的JSON数组嵌套更深，则需要适当修改递归函数来处理更复杂的情况。