ASP.NET Boilerplate是一个开源的应用程序框架，它提供了一组通用的功能和模式，可以帮助开发者快速构建和部署应用程序。

首先，你需要一个继承自IRepository的接口，例如：

public interface IMyEntityRepository : IRepository
{
    Task> GetAllIncludingDeletedAsync();
    Task CountIncludingDeletedAsync();
}

然后，在实现类中，你可以使用EntityFrameworkCore的一些方法来实现这个接口的方法，例如：

public class MyEntityRepository : EfCoreRepositoryBase, IMyEntityRepository
{
    public MyEntityRepository(IDbContextProvider dbContextProvider) : base(dbContextProvider)
    {
    }

    public async Task> GetAllIncludingDeletedAsync()
    {
        return await GetAll().IgnoreQueryFilters().ToListAsync();
    }

    public async Task CountIncludingDeletedAsync()
    {
        return await GetAll().IgnoreQueryFilters().CountAsync();
    }
}

在上面的代码中，我们使用了EntityFrameworkCore的IgnoreQueryFilters()方法来忽略软删除的过滤器，以便获取包括已删除的实体。

最后，你可以在你的应用程序中使用这个自定义的Repository接口，例如：

public class MyAppService : ApplicationService
{
    private readonly IMyEntityRepository _myEntityRepository;

    public MyAppService(IMyEntityRepository myEntityRepository)
    {
        _myEntityRepository = myEntityRepository;
    }

    public async Task> GetAllIncludingDeletedAsync()
    {
        return await _myEntityRepository.GetAllIncludingDeletedAsync();
    }

    public async Task CountIncludingDeletedAsync()
    {
        return await _myEntityRepository.CountIncludingDeletedAsync();
    }
}

在上面的代码中，我们注入了IMyEntityRepository接口，并在方法中使用它来获取所有包括关联关系的软删除实体列表和计数。

请注意，上述代码仅供参考，并假设你已经配置了EntityFrameworkCore和ASP.NET Boilerplate框架。具体实现可能因你的应用程序需求而有所不同。