下面是一个使用ATmega2560的代码示例，使用定时器和多个按钮来闪烁LED：

#include 
#include 

#define F_CPU 16000000UL
#include 

volatile uint8_t button1_state = 0;
volatile uint8_t button2_state = 0;
volatile uint8_t led_state = 0;

void button_init() {
    // 设置按钮引脚为输入
    DDRD &= ~(1 << PD2);
    DDRD &= ~(1 << PD3);
    // 启用上拉电阻
    PORTD |= (1 << PD2);
    PORTD |= (1 << PD3);
    // 设置按钮状态改变的中断触发方式为下降沿触发
    EICRA |= (1 << ISC21) | (1 << ISC31);
    // 启用外部中断
    EIMSK |= (1 << INT2) | (1 << INT3);
}

void timer_init() {
    // 设置定时器1为CTC模式
    TCCR1B |= (1 << WGM12);
    // 设置预分频系数为64
    TCCR1B |= (1 << CS11) | (1 << CS10);
    // 设置比较匹配值，控制闪烁频率
    OCR1A = 15624;
    // 启用比较匹配中断
    TIMSK1 |= (1 << OCIE1A);
}

void led_init() {
    // 设置LED引脚为输出
    DDRC |= (1 << PC0);
}

void led_on() {
    PORTC |= (1 << PC0);
}

void led_off() {
    PORTC &= ~(1 << PC0);
}

ISR(INT2_vect) {
    // 按钮1状态发生改变
    if (!(PIND & (1 << PD2))) {
        button1_state = 1;
    } else {
        button1_state = 0;
    }
}

ISR(INT3_vect) {
    // 按钮2状态发生改变
    if (!(PIND & (1 << PD3))) {
        button2_state = 1;
    } else {
        button2_state = 0;
    }
}

ISR(TIMER1_COMPA_vect) {
    // 定时器比较匹配中断，控制LED状态
    if (button1_state && button2_state) {
        led_state = !led_state;
        if (led_state) {
            led_on();
        } else {
            led_off();
        }
    } else {
        led_off();
    }
}

int main(void) {
    button_init();
    timer_init();
    led_init();
    sei(); // 启用全局中断
    while (1) {
        // 主循环中不需要做任何事情
    }
    return 0;
}

这个代码示例中，我们使用了外部中断来检测按钮状态的改变。当按钮1和按钮2同时按下时，LED会以指定的频率闪烁。使用定时器中断来控制LED的状态改变。