确保Makefile.am文件正确指定源代码路径，并在configure.ac文件中正确引入Makefile.am文件。

示例代码：

Makefile.am文件中包含以下代码：

bin_PROGRAMS = myprogram
myprogram_SOURCES = src/main.c src/utils.c

configure.ac文件中包含以下代码：

AC_INIT([myprogram], [1.0], [email@example.com])
AM_INIT_AUTOMAKE([-Wall])
AC_PROG_CC
AC_CONFIG_HEADERS([config.h])
AC_CONFIG_FILES([Makefile])
AC_OUTPUT

# 引入Makefile.am文件
AC_CONFIG_FILES([Makefile src/Makefile])
AC_OUTPUT

在上述代码中，Makefile.am文件中指定了源代码路径为src/main.c和src/utils.c。在configure.ac文件中，需要引入Makefile.am文件，并在AC_CONFIG_FILES中指定Makefile和src/Makefile。

如果Autotools Makefile仍无法找到源代码，请检查Makefile.am文件中的源代码路径是否正确。