要解决AWS Amplify未正确生成GraphQL输入深度的问题，可以尝试以下方法：

1. 检查模型定义：确保在Amplify CLI中正确定义了数据模型，并且指定了正确的字段类型。例如，如果某个字段应该是一个引用到另一个模型的关联关系，确保在模型定义中使用了正确的关联指令，比如@connection。

2. 重新生成API：运行Amplify CLI命令重新生成API。首先，确保备份您的代码，并确保您的更改已保存。然后，运行以下命令：

amplify api gql-compile
amplify push

这将重新编译GraphQL模式并将更改推送到AWS云端。

3. 检查生成的代码：检查Amplify生成的GraphQL客户端代码，并确保输入类型与模型定义匹配。如果发现输入类型缺失或不正确，可以手动修改生成的代码，然后重新编译和构建应用程序。

4. 更新Amplify版本：如果您正在使用较旧的Amplify版本，请尝试更新到最新版本。新版本通常修复了许多已知问题和错误。

5. 查看文档和社区支持：查看AWS Amplify的官方文档和社区支持论坛，以了解其他人是否遇到了类似的问题，并寻找其他解决方案和建议。

如果以上方法仍未解决问题，您可以考虑在AWS Amplify的GitHub存储库中报告问题，并提供详细的复现步骤和代码示例，以便AWS团队和社区成员能够更好地帮助您解决问题。