如果在AWS CodeDeploy中部署Java应用程序后，应用程序未能成功启动，可以按照以下步骤进行排查和解决问题：

1. 检查应用程序日志：查看应用程序日志以获取任何错误消息或异常信息。

2. 确保应用程序已正确打包：确保应用程序已正确打包为可执行的JAR文件，并且可以在本地环境中成功运行。

3. 检查应用程序启动脚本：确保应用程序启动脚本正确配置，并且可以在本地环境中成功启动应用程序。例如，可以使用以下示例启动脚本：

#!/bin/bash
java -jar /path/to/your/application.jar

确保启动脚本具有正确的文件权限，并且应用程序的JAR文件路径正确。

4. 检查应用程序依赖项：确保应用程序的所有依赖项都已正确安装和配置。可以使用构建工具（如Maven或Gradle）来管理应用程序的依赖项。

5. 检查端口和安全组设置：确保应用程序所需的端口已在安全组中打开，并且可以从外部访问。

6. 检查部署配置：检查AWS CodeDeploy部署配置是否正确配置。确保应用程序部署到正确的实例和目录，并且启动脚本的路径和参数正确。

7. 检查IAM角色和权限：确保AWS CodeDeploy服务具有足够的权限来访问和部署应用程序。可以在AWS Identity and Access Management (IAM)中检查和更新权限。

8. 检查实例状态和日志：检查实例的状态和系统日志，以查看是否有任何与应用程序启动相关的错误或异常。

9. 重新部署应用程序：如果以上步骤都没有解决问题，尝试重新部署应用程序。有时候重新部署可以解决一些临时问题。

请注意，上述步骤仅提供了一般性的排查和解决方法。具体的解决方法可能因应用程序的特定配置和环境而有所不同。