在AWS Data Pipeline中，使用Mysql RDS到S3的数据格式时，列分隔符可能不起作用的原因可能是由于数据管道的定义中未正确指定列分隔符。下面是一个示例解决方法，包含代码示例：

1. 确保在数据管道定义中正确指定列分隔符。在数据管道定义中，可以使用一个活动对象（activity object）来指定Mysql RDS到S3的数据格式和列分隔符。

{
  "id": "MysqlToS3Activity",
  "name": "MysqlToS3Activity",
  "input": {
    "ref": "MysqlToS3Input"
  },
  "output": {
    "ref": "S3Output"
  },
  "runsOn": {
    "ref": "Ec2Resource"
  },
  "type": "SqlDataNode",
  "database": {
    "ref": "MySqlDatabase"
  },
  "selectSql": "SELECT * FROM your_table",
  "columnSeparator": ","
}

在上述示例中，"columnSeparator"属性被设置为","，表示使用逗号作为列分隔符。你可以根据你的需求更改此值。

2. 确保Mysql RDS中的数据与指定的列分隔符匹配。如果Mysql RDS中的数据使用不同的列分隔符，那么你需要在数据管道定义中正确指定该列分隔符。

请注意，在使用AWS Data Pipeline时，你需要将上述代码示例中的其他必要部分（如输入和输出定义）添加到你的数据管道定义中，以确保正确的数据传输和处理。

希望以上解决方法能对你有所帮助！