要在AWS EKS集群中的cronjob中设置UTC时区运行，可以通过在cronjob的spec字段中添加一个timeZone字段来实现。下面是一个示例的cronjob YAML文件：

apiVersion: batch/v1beta1
kind: CronJob
metadata:
  name: my-cronjob
spec:
  schedule: "0 0 * * *"
  timeZone: "UTC"
  jobTemplate:
    spec:
      template:
        spec:
          containers:
          - name: my-container
            image: my-image
            command: ["/bin/sh", "-c"]
            args: ["echo Hello from my-cronjob"]
          restartPolicy: OnFailure

在上面的示例中，timeZone字段被设置为"UTC"，这样cronjob将在UTC时区运行。schedule字段定义了cronjob的运行时间表达式，此处为每天的UTC 00:00。jobTemplate字段定义了要运行的作业模板，其中包含一个容器定义。

将上述内容保存为一个YAML文件，然后使用kubectl或其他Kubernetes管理工具将其部署到AWS EKS集群中即可。