AWS Elastic Beanstalk环境变量不会自动从配置文件中更新，但可以通过添加自定义脚本来实现。

以下是一种解决方法的示例代码：

1. 创建一个名为.ebextensions的文件夹在您的应用程序根目录中。

2. 在.ebextensions文件夹中创建一个名为01_update_env.config的文件，并将以下内容添加到文件中：

files:
  "/opt/elasticbeanstalk/hooks/appdeploy/post/99_update_env.sh":
    mode: "000755"
    owner: root
    group: root
    content: |
      #!/bin/bash

      # Change directory to the application root directory
      cd /var/app/current

      # Source the environment variables from the config file
      .env/bin/activate
      source .env

      # Restart the application server to apply the updated environment variables
      supervisorctl -c /opt/python/etc/supervisord.conf restart :

3. 将上述代码中的替换为您的应用程序名称。

4. 将您的配置文件（例如.env）添加到您的应用程序代码中，确保它位于应用程序根目录中。

5. 将您的应用程序和.ebextensions文件夹一起打包，并将其上传到AWS Elastic Beanstalk。

这样，每当您部署新版本时，Elastic Beanstalk将在部署后执行脚本99_update_env.sh，该脚本将更新环境变量并重新启动应用程序服务器以应用更改。