要将AWS Glue与DocumentDB集成，您可以按照以下步骤操作：

1. 首先，您需要创建一个AWS Glue的连接，用于连接到DocumentDB。打开AWS Glue控制台，导航到“连接”页面，然后点击“添加连接”按钮。

2. 在添加连接的页面，选择“DocumentDB”作为连接类型，并提供连接所需的详细信息，例如主机名、端口、用户名和密码等。点击“保存连接”。

3. 接下来，您需要创建一个AWS Glue作业，用于执行自定义查询。导航到AWS Glue控制台的“作业”页面，然后点击“添加作业”按钮。

4. 在添加作业页面，为作业提供名称和描述，然后选择所需的脚本语言（例如Python）。

5. 在“脚本编辑器”中，您可以编写自定义查询的代码。以下是一个示例，使用Python脚本来查询DocumentDB中的数据：

import sys
from awsglue.transforms import *
from awsglue.utils import getResolvedOptions
from pyspark.context import SparkContext
from awsglue.context import GlueContext
from pyspark.sql import SQLContext

## @params: [JOB_NAME]
args = getResolvedOptions(sys.argv, ['JOB_NAME'])

sc = SparkContext()
glueContext = GlueContext(sc)
spark = glueContext.spark_session

# 连接到DocumentDB
documentdb_connection = glueContext.create_dynamic_frame.from_catalog(database = "your_database", table_name = "your_table", connection_name = "your_connection")

# 执行自定义查询
custom_query = "SELECT * FROM your_table WHERE your_column = 'your_value'"
documentdb_results = spark.sql(custom_query)

# 将查询结果转换为动态帧
documentdb_results_dynamic_frame = DynamicFrame.fromDF(documentdb_results, glueContext, "documentdb_results_dynamic_frame")

# 显示查询结果
documentdb_results_dynamic_frame.show()

# 将查询结果保存到S3等其他目标
glueContext.write_dynamic_frame.from_options(documentdb_results_dynamic_frame, connection_type = "s3", connection_options = {"path": "s3://your_bucket/your_output_path"}, format = "parquet")

job.commit()

在以上示例中，您需要替换your_database、your_table、your_connection、your_column和your_value等变量为实际的值。

6. 编辑完作业代码后，点击“保存并运行作业”按钮，即可执行自定义查询并将结果保存到指定的位置。

请注意，以上示例仅展示了在AWS Glue中执行自定义查询到DocumentDB的一种方法，您可以根据实际需求进行更改和优化。另外，确保您的AWS Glue和DocumentDB实例都具有适当的权限和访问控制设置。