要在EC2实例上使用SSM运行命令，您可以使用AWS Java SDK来实现。下面是一个包含代码示例的解决方法：

1. 首先，确保您已经在本地配置了AWS Java SDK环境。

2. 导入必要的类和包：

import software.amazon.awssdk.auth.credentials.DefaultCredentialsProvider;
import software.amazon.awssdk.regions.Region;
import software.amazon.awssdk.services.ssm.SsmClient;
import software.amazon.awssdk.services.ssm.model.SendCommandRequest;
import software.amazon.awssdk.services.ssm.model.SendCommandResponse;

3. 创建SSM客户端：

Region region = Region.YOUR_REGION; // 替换为您的AWS区域
SsmClient ssmClient = SsmClient.builder()
        .credentialsProvider(DefaultCredentialsProvider.create())
        .region(region)
        .build();

4. 创建SendCommandRequest对象，并设置相关参数：

String instanceId = "YOUR_INSTANCE_ID"; // 替换为您的EC2实例ID
String command = "YOUR_COMMAND"; // 替换为您要运行的命令
SendCommandRequest sendCommandRequest = SendCommandRequest.builder()
        .instanceIds(instanceId)
        .documentName("AWS-RunShellScript") // 这里使用的是Shell脚本命令
        .parameters(Collections.singletonMap("commands", Collections.singletonList(command)))
        .build();

5. 发送命令并获取响应：

SendCommandResponse sendCommandResponse = ssmClient.sendCommand(sendCommandRequest);
String commandId = sendCommandResponse.command().commandId();

6. 等待命令执行完成，并获取输出结果：

GetCommandInvocationRequest getCommandInvocationRequest = GetCommandInvocationRequest.builder()
        .instanceId(instanceId)
        .commandId(commandId)
        .build();
GetCommandInvocationResponse getCommandInvocationResponse = ssmClient.getCommandInvocation(getCommandInvocationRequest);
String output = getCommandInvocationResponse.standardOutputContent();
System.out.println("Command output: " + output);

这样，您就可以在EC2实例上使用SSM运行命令，并获取输出结果。

请注意，以上代码示例仅供参考，您需要根据您的实际情况进行适当的修改。确保替换YOUR_REGION、YOUR_INSTANCE_ID和YOUR_COMMAND为实际的值。