在C语言中，可以使用标准库函数qsort()来对数组进行排序。qsort()函数的原型如下：

void qsort(void* base, size_t num, size_t size, int (*compar)(const void*, const void*));

其中，base是指向待排序数组的指针，num是数组元素个数，size是每个元素的大小（以字节为单位），compar是一个用来比较两个元素的函数指针。

下面是一个示例代码，展示如何使用qsort()函数对两个数组按照共同的逻辑进行排序：

#include 
#include 

// 比较两个整数的函数
int compare_int(const void* a, const void* b) {
    int num1 = *(const int*)a;
    int num2 = *(const int*)b;
    
    if (num1 < num2) {
        return -1;
    } else if (num1 > num2) {
        return 1;
    } else {
        return 0;
    }
}

int main() {
    int array1[] = {5, 2, 8, 1, 6};
    int array2[] = {9, 3, 7, 4, 0};
    int size = sizeof(array1) / sizeof(array1[0]);

    // 对array1进行排序
    qsort(array1, size, sizeof(int), compare_int);

    // 对array2进行排序
    qsort(array2, size, sizeof(int), compare_int);

    // 打印排序后的结果
    printf("Sorted array1: ");
    for (int i = 0; i < size; i++) {
        printf("%d ", array1[i]);
    }
    printf("\n");

    printf("Sorted array2: ");
    for (int i = 0; i < size; i++) {
        printf("%d ", array2[i]);
    }
    printf("\n");

    return 0;
}

上述代码中，我们定义了一个比较两个整数的函数compare_int()，用于传递给qsort()函数进行元素比较。然后，我们分别对array1和array2进行排序，并打印排序后的结果。

注意：在实际使用中，根据具体需求，你可能需要修改比较函数compare_int()的实现，以适应不同的排序逻辑。