在AWS RDS上运行的MySQL 5.7的CPU利用率高，但运行的进程很少的问题可能由于以下原因引起：

1. 查询缓慢：可以通过检查慢查询日志来确定是否存在查询缓慢的问题。可以使用以下命令启用慢查询日志：

SET GLOBAL slow_query_log = 1;
SET GLOBAL long_query_time = 1;  -- 设置大于1秒的查询为慢查询

然后，查看慢查询日志以找出导致查询缓慢的语句，并进行适当的优化。

2. 索引问题：缺少适当的索引可能导致查询效率低下。可以使用以下命令查看表的索引情况：

SHOW INDEXES FROM table_name;

确保表的重要列上有适当的索引，以提高查询性能。

3. 参数配置问题：可以检查MySQL的参数配置是否合适。可以使用以下命令查看当前的参数配置：

SHOW VARIABLES;

关注以下参数：innodb_buffer_pool_size、innodb_log_file_size、innodb_flush_log_at_trx_commit等。根据实际情况，调整这些参数的值以提高性能。

4. 数据库负载问题：如果数据库实例上还运行着其他应用程序，可能会导致CPU利用率高但运行的进程很少。可以使用以下命令查看当前的活动进程：

SHOW PROCESSLIST;

检查是否有其他应用程序或查询在占用CPU资源。如果有，可以考虑对其进行优化或调整工作负载。

注意：在对AWS RDS实例进行配置更改之前，请确保对数据库进行备份，并在测试环境中进行测试。