如果在AWS应用负载均衡器后面的Windows身份验证不起作用，可能是由于以下原因之一：

1. IIS配置问题：确保在IIS中正确配置了Windows身份验证。打开IIS管理器，选择您的网站，右键单击并选择“属性”，然后打开“目录安全性”选项卡。确保已启用Windows身份验证，并禁用其他任何身份验证方法。

2. 负载均衡器设置问题：确保您的负载均衡器配置正确。在AWS控制台中，找到您的负载均衡器，确保已配置正确的目标组和健康检查。确保负载均衡器的监听器将流量正确路由到后端实例。

下面是一个示例代码，演示如何在ASP.NET Core应用程序中配置Windows身份验证：

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    services.AddAuthentication(IISDefaults.AuthenticationScheme);
    services.AddMvc();
}

public void Configure(IApplicationBuilder app, IHostingEnvironment env)
{
    app.UseAuthentication();
    app.UseMvc();
}

在上述代码中，我们使用AddAuthentication方法将Windows身份验证添加到应用程序的身份验证中间件。然后，在Configure方法中使用UseAuthentication方法来启用身份验证。

确保您的应用程序中已经正确配置了Windows身份验证，并且负载均衡器的设置正确，这样您就可以正确地使用Windows身份验证。