AWS API Gateway Cognito验证器确实会更改提取的声明中的JWT负载，因为它会添加一些自定义声明来识别验证已完成。如果您不希望这些自定义声明出现在提取的声明中，可以使用Lambda自定义身份验证器来移除它们。

以下是一个示例Lambda自定义身份验证器代码，其中包括移除自定义声明的步骤：

import json
import jwt

def handler(event, context):
    # Extract JWT token from request headers
    jwt_token = event['headers']['Authorization'].replace('Bearer ', '')
    claims = jwt.decode(jwt_token, options={'verify_signature': False})

    # Remove custom claims added by API Gateway Cognito authorizer
    if 'custom:isAuthenticated' in claims:
        del claims['custom:isAuthenticated']
    if 'cognito:username' in claims:
        del claims['cognito:username']

    # Verify JWT signature
    # ...

    # Return updated claims to API Gateway
    policy = generate_policy('user', 'Allow', event['methodArn'], claims)
    return policy

在这个示例代码中，请求中的JWT令牌会被解码为一个声明字典，并通过删除custom：isAuthenticated和cognito：username键来删除自定义声明。

随后，可以对JWT签名进行验证，并使用更新后的声明生成策略，以允许或拒绝访问API的请求。

请注意，您需要将此Lambda函数作为自定义身份验证器添加到API Gateway中，并在API的身份验证器设置中使用该函数。