解决这个问题的方法是使用babel-plugin-angularjs-annotate插件的最新版本，并在Webpack配置中进行正确的设置。

首先，确保你安装了最新版本的babel-plugin-angularjs-annotate插件。你可以使用以下命令进行安装：

npm install --save-dev babel-plugin-angularjs-annotate@latest

然后，在你的Webpack配置中，添加一个新的Babel loader，并在options中设置babel-plugin-angularjs-annotate插件。例如：

module.exports = {
  // ...
  module: {
    rules: [
      // ...
      {
        test: /\.js$/,
        exclude: /node_modules/,
        use: {
          loader: 'babel-loader',
          options: {
            presets: ['@babel/preset-env'],
            plugins: ['babel-plugin-angularjs-annotate']
          }
        }
      }
    ]
  }
  // ...
}

这样就会在Webpack中正确使用babel-plugin-angularjs-annotate插件，并且不会破坏单独的服务注入。

请注意，上面的示例假设你已经安装了babel-loader和@babel/preset-env。如果没有，请使用以下命令进行安装：

npm install --save-dev babel-loader @babel/preset-env

希望这可以解决你的问题！