解决这个问题的方法是在Babel配置文件中添加相应的插件，以便Babel可以处理.graphql文件。

首先，确保你的项目中已经安装了@babel/cli和@babel/preset-env这两个依赖包。如果没有安装，可以使用以下命令进行安装：

npm install --save-dev @babel/cli @babel/preset-env

接下来，创建一个名为.babelrc的文件，用于配置Babel。在这个文件中，添加以下内容：

{
  "presets": ["@babel/preset-env"],
  "plugins": ["@babel/plugin-transform-runtime"]
}

这里使用了@babel/preset-env预设和@babel/plugin-transform-runtime插件，这两个都是常用的Babel插件，可以帮助我们处理不同的语法和运行时依赖。

最后，在package.json文件中，将Babel命令修改为：

"scripts": {
  "build": "babel  --out-dir build"
}

将替换为你的源代码目录。

完成以上步骤后，再次运行npm run build命令，Babel将会编译.graphql文件并将其输出到build文件夹中。