这可能是由于每个Excel文件中有额外的隐藏列导致的。在合并文件之前，可以检查每个文件中是否有隐藏列并删除它们。以下是Python代码示例：

import pandas as pd

# 创建一个列表来存储所有需要合并的Excel文件名
file_list = ['file1.xlsx', 'file2.xlsx', 'file3.xlsx']

# 定义要读取的列
columns = ['column1', 'column2', 'column3']

# 创建一个空的Dataframe来保存所有文件的数据
merged_df = pd.DataFrame()

# 循环遍历文件列表，读取文件并合并数据
for file in file_list:
    # 检查文件是否存在隐藏列
    df = pd.read_excel(file)
    if len(df.columns) > len(columns):
        df = df[columns]
    # 将数据合并到主数据框中
    merged_df = merged_df.append(df, ignore_index=True)

# 将合并的数据保存为一个新文件
merged_df.to_excel('merged_file.xlsx', index=False)