版本控制和合并PDF文件是通过使用一个版本控制系统（如Git）来实现的。而对于不断更新的注释，可以使用PDF编辑器或编程语言来实现。

以下是一个示例解决方法，使用Git来进行版本控制，以及使用Python和PyPDF2库来合并PDF文件和更新注释：

1. 安装Git和Python（如果尚未安装）。

2. 创建一个新的Git仓库，用于存储PDF文件和注释。

   $ git init
   

3. 将PDF文件添加到Git仓库中。

   $ git add file1.pdf file2.pdf
   $ git commit -m "Initial commit"
   

4. 使用PyPDF2库来合并PDF文件。

   import PyPDF2
   
   def merge_pdfs(files, output_file):
       merger = PyPDF2.PdfFileMerger()
       for file in files:
           merger.append(file)
       merger.write(output_file)
       merger.close()
   
   files = ['file1.pdf', 'file2.pdf']
   output_file = 'merged.pdf'
   merge_pdfs(files, output_file)
   

5. 更新注释时，可以使用Python和PyPDF2库来打开合并后的PDF文件，并添加注释。

   import PyPDF2
   
   def update_annotations(file, annotation):
       pdf = PyPDF2.PdfFileReader(file)
       pdf_writer = PyPDF2.PdfFileWriter()
   
       for page_num in range(pdf.getNumPages()):
           page = pdf.getPage(page_num)
           page.addAnnotation(annotation)
           pdf_writer.addPage(page)
   
       with open('updated.pdf', 'wb') as output_pdf:
           pdf_writer.write(output_pdf)
   
   file = 'merged.pdf'
   annotation = 'This is a comment'
   update_annotations(file, annotation)
   

通过这个解决方法，你可以使用Git来跟踪PDF文件的版本控制，并使用Python和PyPDF2库来合并PDF文件和更新注释。