问题描述中提到，使用Hibernate保存实体后，返回的值与填充的id列之间存在差异。为了解决这个问题，可以尝试以下解决方法。

1. 检查实体类的id属性生成策略：在实体类中，检查使用的id生成策略。确保与数据库中的id列的填充方式相匹配。常见的生成策略包括自增长（GenerationType.IDENTITY）、序列（GenerationType.SEQUENCE）等。确保实体类使用的生成策略与数据库中的id列的填充方式一致。

@Id
@GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY) // 根据数据库的自增长列生成id
private Long id;

2. 检查数据库的id列设置：检查数据库中id列的设置，确保其自增长或序列的设置与实体类的id属性生成策略相匹配。可以使用数据库相关的工具或查询语句来查看id列的设置。

3. 检查数据库事务的提交方式：如果在保存实体后存在差异，可能是因为Hibernate的事务没有立即提交到数据库。可以尝试在保存实体后手动调用Flush方法，强制将事务提交到数据库。

entityManager.persist(entity);
entityManager.flush(); // 手动提交事务到数据库

4. 检查实体类的映射配置：检查实体类的映射配置是否正确。确保实体类的id属性与数据库中的id列正确映射。可以使用注解或XML配置来指定映射关系。

@Id
@Column(name = "id") // 指定映射到数据库的id列
private Long id;

5. 检查数据库连接和Hibernate配置：检查数据库连接和Hibernate配置是否正确。确保连接数据库的用户名、密码、数据库名等配置正确无误。可以通过打印Hibernate的日志来查看相关的配置和连接信息。

以上是一些可能的解决方法，根据具体情况选择适合的方法进行调整和修正。