要解决“包函数中的‘stop()不会结束调试模式’”问题，可以尝试以下解决方法：

1. 检查调试器设置：确保调试器的设置允许在包函数中使用stop()来结束调试模式。有些调试器可能默认禁用在包函数中使用stop()。

2. 使用条件判断：在包函数中使用条件判断语句，以控制stop()的使用。例如，可以使用一个全局变量或者其他条件来判断是否应该调用stop()。例如：

debug_mode <- TRUE

my_function <- function() {
  # 执行一些代码
  if (debug_mode) {
    stop("调试模式结束")
  }
  # 继续执行其他代码
}

在这个例子中，只有当debug_mode为TRUE时，才会调用stop()来结束调试模式。你可以根据实际需求修改条件判断的逻辑。

3. 使用try-catch块：使用try-catch块来捕获stop()引发的异常，并在异常处理块中结束调试模式。例如：

my_function <- function() {
  tryCatch({
    # 执行一些代码
    stop("调试模式结束")
    # 继续执行其他代码
  }, error = function(e) {
    # 异常处理块
    browser()
  })
}

在这个例子中，tryCatch()函数用来捕获stop()引发的异常，并在异常处理块中调用browser()来进入调试模式。

以上是一些常见的解决方法，具体的解决方法可能因你使用的调试器和代码的具体情况而有所不同。