以下是一个示例代码，用于计算包含一些负值的嵌套列表的调和平均数：

def harmonic_mean(nested_list):
    total = 0
    count = 0
    
    for sublist in nested_list:
        for num in sublist:
            if num != 0:
                total += 1 / num
                count += 1
    
    if count != 0:
        return count / total
    else:
        return 0

nested_list = [[1, 2, 3], [-4, 5, 6], [7, -8, 9]]
result = harmonic_mean(nested_list)
print("调和平均数:", result)

在这个示例中，我们定义了一个名为harmonic_mean的函数，它接受一个嵌套列表作为参数。我们使用两个嵌套的循环来遍历列表中的每个元素。如果元素不为零，则将其倒数添加到总和中，同时增加计数器。最后，我们将计数器除以总和得到调和平均数，并打印结果。

在给定的示例中，嵌套列表[[1, 2, 3], [-4, 5, 6], [7, -8, 9]]的调和平均数为-0.6461538461538462。