保护位于NAT后的Windows应用程序的一种解决方法是使用防火墙和安全策略来限制和监控网络流量。以下是一个简单的示例，说明如何使用C#代码创建Windows防火墙规则来保护应用程序。

using System;
using NetFwTypeLib;

namespace FirewallExample
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            CreateFirewallRule("MyApp", "C:\\Path\\To\\MyApp.exe", "127.0.0.1", "TCP", 8080);
        }

        static void CreateFirewallRule(string name, string executablePath, string remoteAddress, string protocol, int port)
        {
            Type type = Type.GetTypeFromProgID("HNetCfg.FwPolicy2");
            dynamic firewallPolicy = Activator.CreateInstance(type);
            dynamic firewallRules = firewallPolicy.Rules;

            var firewallRule = (INetFwRule)Activator.CreateInstance(Type.GetTypeFromProgID("HNetCfg.FWRule"));
            firewallRule.Name = name;
            firewallRule.ApplicationName = executablePath;
            firewallRule.RemoteAddresses = remoteAddress;
            firewallRule.Protocol = GetProtocol(protocol);
            firewallRule.LocalPorts = port.ToString();
            firewallRule.Action = NET_FW_ACTION_.NET_FW_ACTION_BLOCK;
            firewallRule.Enabled = true;

            firewallRules.Add(firewallRule);
        }

        static dynamic GetProtocol(string protocol)
        {
            switch (protocol.ToUpper())
            {
                case "TCP":
                    return NET_FW_IP_PROTOCOL_.NET_FW_IP_PROTOCOL_TCP;
                case "UDP":
                    return NET_FW_IP_PROTOCOL_.NET_FW_IP_PROTOCOL_UDP;
                default:
                    throw new ArgumentException("Invalid protocol");
            }
        }
    }
}

以上示例代码使用C#和Windows API创建了一个防火墙规则，将指定的应用程序（MyApp.exe）限制为仅能从本地主机（127.0.0.1）的TCP端口8080访问。此规则将阻止来自其他网络地址的流量。

请注意，此示例仅仅是一个基本的实现，实际情况可能需要更复杂的规则和策略来确保应用程序的安全。