在操作系统中，可以使用文件权限来保护子文件夹免受直接访问，但允许系统访问。下面是一个示例代码，演示如何在Linux系统中实现此功能：

import os

def protect_subfolder(subfolder_path):
    # 设置子文件夹的权限为只允许系统访问
    os.chmod(subfolder_path, 0o700)
    
    # 获取子文件夹中的所有文件和文件夹
    subfolder_contents = os.listdir(subfolder_path)
    
    for item in subfolder_contents:
        item_path = os.path.join(subfolder_path, item)
        
        # 如果是文件夹，则递归调用该函数
        if os.path.isdir(item_path):
            protect_subfolder(item_path)
        
        # 设置文件或文件夹的权限为只允许系统访问
        os.chmod(item_path, 0o700)

上述代码中，protect_subfolder函数接收一个子文件夹的路径作为参数。首先，使用os.chmod函数将子文件夹的权限设置为只允许系统访问（即设置为700）。然后，使用os.listdir函数获取子文件夹中的所有文件和文件夹。对于每个文件或文件夹，如果是文件夹，则递归调用protect_subfolder函数来保护其下层子文件夹；如果是文件或文件夹，则使用os.chmod函数将其权限设置为只允许系统访问。

请注意，上述代码仅适用于Linux系统。对于其他操作系统，可能需要使用相应的文件权限设置方法来实现相同的功能。