下面是一个示例代码，演示如何在保留第二个存储库文件的情况下合并两个存储库。

# 克隆第一个存储库
git clone <第一个存储库URL> repo1
cd repo1

# 添加第二个存储库为远程仓库
git remote add repo2 <第二个存储库URL>

# 获取第二个存储库的文件
git fetch repo2

# 合并两个存储库的文件
git merge repo2/master --allow-unrelated-histories

# 如果有冲突，解决冲突并提交更改

# 推送合并后的代码到第一个存储库
git push origin master

上述代码的步骤包括：

1. 克隆第一个存储库到本地。
2. 添加第二个存储库为远程仓库。
3. 获取第二个存储库的文件，这将下载第二个存储库的文件到本地。
4. 合并两个存储库的文件，使用git merge命令将第二个存储库的文件合并到第一个存储库。
5. 如果有冲突，需要解决冲突并提交更改。
6. 最后，将合并后的代码推送到第一个存储库。

请注意，这个方法假设两个存储库没有共同的历史。如果两个存储库有共同的历史，并且只需要将第二个存储库的文件合并到第一个存储库，可以使用git cherry-pick命令来选择性地合并特定的提交。