要保留二维ArrayList的原始索引，并使用可比较类进行排序，可以按照以下步骤进行解决：

1. 创建一个包含可比较类的自定义类。

public class MyComparableClass implements Comparable {
    private ArrayList list;
    private int index;
    
    public MyComparableClass(ArrayList list, int index) {
        this.list = list;
        this.index = index;
    }
    
    public ArrayList getList() {
        return list;
    }
    
    public int getIndex() {
        return index;
    }
    
    @Override
    public int compareTo(MyComparableClass other) {
        // 在这里实现自定义的比较逻辑
        // 这里假设比较两个ArrayList的长度
        return Integer.compare(this.list.size(), other.getList().size());
    }
}

2. 创建一个二维ArrayList，并填充数据。

ArrayList> arrayLists = new ArrayList<>();
arrayLists.add(new ArrayList<>(Arrays.asList(1, 2, 3)));
arrayLists.add(new ArrayList<>(Arrays.asList(4, 5)));
arrayLists.add(new ArrayList<>(Arrays.asList(6)));

3. 创建一个新的ArrayList，将二维ArrayList中的元素转换成可比较类对象，并保留原始索引。

ArrayList list = new ArrayList<>();
for (int i = 0; i < arrayLists.size(); i++) {
    list.add(new MyComparableClass(arrayLists.get(i), i));
}

4. 使用Collections.sort()方法进行排序。

Collections.sort(list);

现在，list中的元素已按照比较逻辑进行排序，并且可以通过MyComparableClass对象的getIndex()方法获取原始索引。