要在保留Git历史记录的情况下对整个代码进行Clang格式化，可以按照以下步骤进行操作：

1. 确保已经安装了Clang格式化工具。你可以通过在终端中输入clang-format --version来检查是否已经安装。

2. 在项目的根目录下创建一个名为.clang-format的文件，用于配置Clang格式化工具的规则。你可以从Clang官方网站上找到示例配置文件，并根据自己的需求进行修改。

3. 在终端中切换到项目的根目录，并使用以下命令来格式化整个代码库：

git ls-files -z | xargs -0 clang-format -i

这个命令会列出所有Git跟踪的文件，并使用Clang格式化工具对其进行格式化。

4. 如果你希望只对某个特定的文件夹或文件进行格式化，可以修改上述命令。例如，要只对名为src的文件夹进行格式化，可以使用以下命令：

git ls-files -z -- src/ | xargs -0 clang-format -i

5. 以上命令会直接修改文件内容，因此在运行命令之前，请确保已经做好了备份或者已经提交了最新的修改。

6. 如果你想在每次提交代码之前自动进行格式化，你可以使用Git的pre-commit钩子。在项目的.git/hooks目录下创建一个名为pre-commit的文件，并添加以下内容：

#!/bin/sh
git ls-files -z | xargs -0 clang-format -i
git add -A

然后给该文件添加可执行权限：

chmod +x .git/hooks/pre-commit

这样，每次提交代码时，Git都会自动对所有跟踪的文件进行格式化。

通过以上步骤，你可以在保留Git历史记录的情况下，对整个代码进行Clang格式化。