要保留在node_modules文件中应用的修改，您可以使用patch-package包来创建和应用补丁。下面是一个解决方法的示例：

1. 首先，将patch-package包作为开发依赖项安装到您的项目中：

npm install --save-dev patch-package

2. 在package.json文件中添加以下脚本：

"scripts": {
  "postinstall": "patch-package"
}

3. 在您的项目根目录中创建一个patches文件夹。在该文件夹中，创建一个与要修改的包的名称相对应的文件夹。例如，如果要修改lodash包，创建一个名为lodash的文件夹。

4. 在创建的包文件夹中，创建一个名为+修订版本号.patch的文件（例如+4.17.20.patch）。在该文件中，添加要应用的修改的补丁内容。补丁文件的格式应遵循diff格式。

5. 运行npm install命令，postinstall脚本将在安装完依赖项后自动运行，并应用您创建的补丁。

下面是一个示例补丁文件的内容：

diff --git a/index.js b/index.js
index 1234567..abcdefg 100644
--- a/index.js
+++ b/index.js
@@ -1,3 +1,3 @@
-var lodash = require('lodash');
+var lodash = require('lodash-es');
 
-// Your code here
+// Your modified code here

在这个示例中，我们将lodash包的引用从require('lodash')修改为require('lodash-es')。

通过使用patch-package包，您可以在node_modules文件中应用自定义补丁，并确保在每次安装依赖项时都会重新应用这些补丁。