要编写一个递归的ffmpeg脚本来保留子文件夹结构，可以使用递归函数来遍历文件夹中的所有文件和子文件夹。在每个子文件夹中，将使用ffmpeg命令处理文件，并将生成的输出文件保存到相应的目标子文件夹中。

以下是一个示例脚本，用于将输入文件夹中的所有视频文件转换为MP4格式，并保留子文件夹结构：

#!/bin/bash

input_folder="/path/to/input/folder"
output_folder="/path/to/output/folder"

# 递归函数，用于遍历文件夹
function process_folder {
    local current_folder=$1
    local target_folder="${output_folder}${current_folder#${input_folder}}"

    # 创建目标子文件夹
    mkdir -p "$target_folder"

    # 遍历文件夹中的所有文件和子文件夹
    for file in "$current_folder"/*; do
        if [ -d "$file" ]; then
            # 如果是子文件夹，递归调用函数处理子文件夹
            process_folder "$file"
        elif [ -f "$file" ]; then
            # 如果是文件，使用ffmpeg命令处理文件并保存到目标子文件夹
            ffmpeg -i "$file" "${target_folder}/${file##*/}.mp4"
        fi
    done
}

# 调用递归函数，开始处理输入文件夹
process_folder "$input_folder"

使用此脚本的步骤如下：

1. 将脚本保存为一个.sh文件，并将文件中的/path/to/input/folder替换为实际的输入文件夹路径，将/path/to/output/folder替换为实际的输出文件夹路径。
2. 将ffmpeg命令调整为您想要执行的实际命令，以根据您的需求进行转码、剪辑、合并等操作。
3. 在终端中运行脚本：bash script.sh。

脚本将遍历输入文件夹中的所有文件和子文件夹，并在输出文件夹中创建相同的子文件夹结构。它将使用ffmpeg命令处理每个文件，并将生成的输出文件保存到相应的目标子文件夹中。