要计算包nlme中PGLS ANOVA的效应值，可以按照以下步骤进行操作：

1. 安装并加载nlme和ape包：

install.packages("nlme")
install.packages("ape")
library(nlme)
library(ape)

2. 创建一个包含响应变量、预测变量和进化树的数据框：

response <- c(10, 12, 15, 20, 25)
predictor <- c(1, 2, 3, 4, 5)
phylo_tree <- read.tree(text = "((1:0.1,2:0.2):0.3,(3:0.4,4:0.5):0.6);")
data <- data.frame(response, predictor)

3. 使用pgls函数进行PGLS分析：

pgls_model <- pgls(response ~ predictor, data = data, phy = phylo_tree)

4. 使用anova函数计算PGLS ANOVA的效应值：

anova_result <- anova(pgls_model)

完成上述步骤后，变量anova_result将包含PGLS ANOVA的效应值。你可以使用summary函数查看效应值的摘要统计信息：

summary(anova_result)

希望对你有所帮助！