以下是一个示例代码，它可以通过子文件夹循环运行ffmpeg命令并将其导向文件夹中的文件进行处理：

#!/bin/bash

# 循环遍历所有子文件夹
for folder in */; do
  echo "处理文件夹: $folder"

  # 进入子文件夹
  cd "$folder"

  # 循环遍历当前文件夹中的所有文件
  for file in *; do
    # 检查文件是否为视频文件（以.mp4为例）
    if [[ $file == *.mp4 ]]; then
      echo "处理文件: $file"

      # 运行ffmpeg命令并将输出重定向到与输入文件同名的输出文件
      ffmpeg -i "$file" -vf  "output/$file"
    fi
  done

  # 返回上一级文件夹
  cd ..
done

请注意，上述代码中的需要替换为实际的ffmpeg过滤器选项。此外，你还可以根据实际需求进行其他自定义操作，例如修改文件扩展名、更改输出文件夹等等。

你可以将上述代码保存为一个名为batch_convert.sh的脚本文件，并在终端中运行以下命令来执行它：

chmod +x batch_convert.sh  # 给脚本文件添加执行权限
./batch_convert.sh         # 执行脚本文件

这将在当前文件夹中执行脚本，并递归处理所有子文件夹中的视频文件。