可以尝试通过在Elastic Beanstalk环境中创建.config文件来手动配置NGINX服务器。以下是一个示例.config文件，其中选择了名为“my-app”的应用程序，并为其指定了.conf文件路径。

files:
  "/etc/nginx/conf.d/my-app.conf":
    mode: "000644"
    owner: root
    group: root
    content: |
      # my-app Nginx configuration

      server {
          listen 80;

          server_name my-app.example.com;

          location / {
              proxy_pass http://my-app:3000;
              proxy_set_header Host $host;
              proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
              proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
          }
      }

此文件将在默认的NGINX配置文件之后加载，并为应用程序指定一个新的.conf文件路径。请确保将上述文件内容替换为相应的.conf文件内容和应用程序名称，然后将此文件添加到您的应用程序源包中并重新部署Elastic Beanstalk环境。

请注意，Elastic Beanstalk在应用程序更新时不会覆盖手动配置。因此，如果您需要更新配置，请手动修改.config文件并重新部署。