本地主机上的Angular应用与服务器上的运行方式不同。主要区别在于文件路径和请求方式。

在本地主机上运行Angular应用时，可以使用相对路径来引用自定义的JS文件。例如，如果自定义的JS文件位于与Angular应用的根目录相同的目录中，可以使用以下方式引用该文件：

这将会在HTML文件中插入一个script标签，以加载并执行custom.js文件。

然而，在服务器上运行Angular应用时，需要使用绝对路径或相对于服务器根目录的路径来引用自定义的JS文件。这是因为服务器上的文件路径不同于本地主机。

以下是在服务器上使用绝对路径引用自定义JS文件的示例：

这将会在HTML文件中插入一个script标签，以加载并执行位于服务器上指定路径的custom.js文件。

另外，还可以使用相对于服务器根目录的路径来引用自定义的JS文件。例如，如果custom.js文件位于服务器根目录的js文件夹下，可以使用以下方式引用该文件：

这将会在HTML文件中插入一个script标签，以加载并执行位于服务器根目录的js文件夹下的custom.js文件。

需要注意的是，在服务器上运行Angular应用时，还需要确保服务器正确地配置了文件路径和请求方式，以便能够正确地加载和执行自定义的JS文件。具体配置方法可能因服务器类型和设置而有所不同。