要编码特殊字符，并使用DOMDocument和PHP处理XML，你可以使用PHP的内置函数htmlspecialchars来转义特殊字符，并使用DOMDocument来创建和处理XML。

以下是一个示例代码：

createElement('root');
$dom->appendChild($root);

// 创建包含特殊字符的元素
$text = '特殊字符';
$encodedText = htmlspecialchars($text);

$element = $dom->createElement('element', $encodedText);
$root->appendChild($element);

// 将DOMDocument保存为XML文件
$dom->save('output.xml');

// 输出XML内容
echo $dom->saveXML();
?>

在上面的示例中，我们创建了一个包含特殊字符的XML元素，并使用htmlspecialchars函数对特殊字符进行编码。然后，我们将编码后的文本设置为元素的内容，并将元素添加到根元素中。最后，我们将DOMDocument保存为XML文件，并输出XML内容。

运行以上代码后，将会生成一个名为output.xml的XML文件，并在屏幕上输出XML内容：

  <special>特殊字符</special>

在输出中，特殊字符被正确地转义为< 和 >，以及其他特殊字符。