在运行带有数据库连接的Flask Web应用时遇到内部服务器错误的问题，可能是由于数据库连接配置不正确或数据库服务器不可用引起的。以下是一些可能的解决方法：

1. 检查数据库连接配置：确保在Flask应用的配置文件中正确配置了数据库连接信息，包括数据库类型（如MySQL、PostgreSQL等）、主机名、端口号、用户名、密码等。确保这些配置与实际的数据库服务器配置一致。

2. 检查数据库服务器状态：确认数据库服务器是否正在运行，并且可以通过所配置的主机名和端口号进行访问。可以尝试使用命令行工具（如MySQL的命令行客户端）连接到数据库服务器，以验证数据库服务器是否正常运行。

3. 检查数据库权限：确保所配置的数据库用户具有足够的权限来连接数据库、执行查询和更新操作。可以尝试使用管理员账号连接到数据库服务器，并检查所配置的用户权限设置。

4. 检查数据库库是否存在：如果在Flask应用中指定了数据库名称或库名，确保该数据库或库已经在数据库服务器上创建。可以尝试在数据库服务器上执行SHOW DATABASES;或类似的命令来查看数据库列表。

5. 检查数据库表是否存在：如果在Flask应用中指定了表名，确保该表已经在数据库中创建。可以尝试在数据库服务器上执行SHOW TABLES;或类似的命令来查看表列表。

6. 检查数据库插件是否正确安装：如果使用的是特定数据库的插件（如MySQL的mysql-connector-python），确保已经正确安装了该插件，并且版本与所使用的数据库服务器兼容。

7. 检查数据库连接代码：检查Flask应用中与数据库连接相关的代码，确保使用了正确的连接方式和参数。例如，可以尝试打印数据库连接的相关参数，并确保它们的值是正确的。

8. 检查数据库操作代码：如果在Flask应用中执行了数据库查询或更新操作，检查相关的代码是否正确。确认SQL语句是否正确，并检查是否正确处理了异常情况。

通过以上方法，可以逐步排查并解决在运行带有数据库连接的Flask Web应用时出现的内部服务器错误。如果问题仍然存在，可以尝试查看应用的日志文件，以获取更多详细的错误信息，从而更好地定位和解决问题。