在编译Kotlin时，如果出现警告“忽略了“-d”选项，因为指定了“-Xbuild-file””，可以尝试以下解决方法：

1. 确保正确指定了编译输出目录（-d选项）。例如，使用以下命令来编译Kotlin文件并指定输出目录为"out"：

kotlinc  -d out

2. 检查是否同时指定了"-Xbuild-file"选项。该选项用于指定构建脚本文件，如果不需要使用构建脚本文件，可以尝试移除该选项。例如：

kotlinc  -d out -Xbuild-file none

3. 如果需要使用构建脚本文件，可以尝试将"-d"选项指定为构建脚本文件中的一个属性。例如，在build.gradle.kts文件中可以使用以下代码指定输出目录：

tasks {
    compileKotlin {
        kotlinOptions {
            freeCompilerArgs = listOf("-d", "out")
        }
    }
}

4. 确保使用的是最新版本的Kotlin编译器。有时，该警告可能是由于编译器的bug引起的，更新到最新版本可能会解决问题。

如果以上方法无法解决问题，建议查阅Kotlin编译器的文档或寻求更多相关帮助。