解决这个问题的一种方法是使用虚拟环境或者容器来隔离两个应用程序的依赖。

首先，你需要安装并配置两个不同版本的Qt。假设你有Qt 5.12和Qt 6.0两个版本。

接下来，你可以使用虚拟环境（如Python的virtualenv）或者容器（如Docker）来隔离两个应用程序的依赖。

使用虚拟环境的示例：

1. 创建并激活虚拟环境：

$ python3 -m venv app1_env
$ source app1_env/bin/activate

2. 在虚拟环境中安装Qt 5.12和应用程序1的依赖：

(app1_env)$ pip install PyQt5==5.12
(app1_env)$ pip install app1_dependencies

3. 退出应用程序1的虚拟环境：

(app1_env)$ deactivate

4. 创建并激活第二个应用程序的虚拟环境：

$ python3 -m venv app2_env
$ source app2_env/bin/activate

5. 在第二个虚拟环境中安装Qt 6.0和应用程序2的依赖：

(app2_env)$ pip install PyQt6==6.0
(app2_env)$ pip install app2_dependencies

6. 退出应用程序2的虚拟环境：

(app2_env)$ deactivate

现在，你可以分别使用不同的虚拟环境运行两个应用程序，并且它们可以共存，因为它们使用了不同版本的Qt。

使用容器的示例：

1. 创建一个名为"app1_container"的Docker容器并安装Qt 5.12和应用程序1的依赖：

$ docker run -it --name app1_container -v /path/to/app1:/app1 -w /app1 python:latest /bin/bash
(container)$ pip install PyQt5==5.12
(container)$ pip install app1_dependencies

2. 退出容器：

(container)$ exit

3. 创建一个名为"app2_container"的第二个Docker容器并安装Qt 6.0和应用程序2的依赖：

$ docker run -it --name app2_container -v /path/to/app2:/app2 -w /app2 python:latest /bin/bash
(container)$ pip install PyQt6==6.0
(container)$ pip install app2_dependencies

4. 退出第二个容器：

(container)$ exit

现在，你可以分别运行两个容器，并且它们可以共存，因为它们使用了不同版本的Qt。

以上是一种解决方法，你可以根据你的具体需求和环境进行调整。