以下是一个使用Python的解决方案，可以比较多个电子表格并生成CSV输出：

import pandas as pd

# 读取电子表格数据
dataframes = []
for file_path in ['file1.xlsx', 'file2.xlsx', 'file3.xlsx']:
    df = pd.read_excel(file_path)
    dataframes.append(df)

# 比较数据并生成CSV输出
merged_df = pd.concat(dataframes)
merged_df.to_csv('output.csv', index=False)

以上代码使用了pandas库来读取和处理电子表格数据。在这个例子中，我们假设要比较的电子表格文件是file1.xlsx，file2.xlsx和file3.xlsx。首先，我们创建一个空列表dataframes来存储所有电子表格的数据。然后，使用pd.read_excel()函数读取每个电子表格文件，并将它们添加到dataframes列表中。最后，使用pd.concat()函数将所有数据框合并为一个数据框，并使用to_csv()方法将结果保存为CSV文件output.csv。

请注意，这只是一个简单的示例，您可能需要根据实际情况进行适当的修改和调整。