比较两个大型列表的最佳方法是使用集合的交集操作。在C#中，可以使用LINQ库提供的Intersect方法来实现。

以下是一个示例代码：

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;

class Program
{
    static void Main(string[] args)
    {
        // 创建两个大型列表
        List list1 = new List() { 1, 2, 3, 4, 5 };
        List list2 = new List() { 3, 4, 5, 6, 7 };

        // 使用Intersect方法比较两个列表
        IEnumerable commonItems = list1.Intersect(list2);

        // 输出共同的项
        foreach (int item in commonItems)
        {
            Console.WriteLine(item);
        }

        Console.ReadLine();
    }
}

在上面的示例中，我们创建了两个大型列表list1和list2，然后使用Intersect方法比较它们。Intersect方法返回一个实现了IEnumerable接口的集合，其中包含两个列表中共同的项。我们使用foreach循环遍历共同的项，并将其输出到控制台。

使用Intersect方法进行列表比较的好处是它是一个高度优化的方法，它会自动处理重复项，并且在处理大型列表时具有良好的性能。