比较两个复杂的JSON数组可以使用不同的编程语言和库来实现。以下是使用Python和json库的一个示例：

import json

def compare_json_arrays(json_array1, json_array2):
    # 将JSON数组转换为Python对象
    array1 = json.loads(json_array1)
    array2 = json.loads(json_array2)
    
    # 比较数组长度
    if len(array1) != len(array2):
        return False
    
    # 比较数组中的每个元素
    for i in range(len(array1)):
        # 将每个元素转换为JSON字符串进行比较
        if json.dumps(array1[i], sort_keys=True) != json.dumps(array2[i], sort_keys=True):
            return False
    
    return True

# 示例用法
json_array1 = '[{"name": "John", "age": 30}, {"name": "Jane", "age": 25}]'
json_array2 = '[{"name": "John", "age": 30}, {"name": "Jane", "age": 25}]'
result = compare_json_arrays(json_array1, json_array2)
print(result)  # 输出: True

上述示例中，首先使用json.loads()方法将JSON数组转换为Python对象。然后，使用len()函数比较两个数组的长度，如果长度不相等，则返回False。接下来，使用json.dumps()方法将每个元素转换为JSON字符串，并进行比较。如果任何元素不相等，则返回False。如果所有元素都相等，则返回True。

请注意，这只是一个示例，并且可以根据具体的需求进行修改和优化。