安装NSIS后应用程序无法运行的问题可能是由于NSIS的安装过程中出现了错误导致的。以下是一种可能的解决方法：

import subprocess

# 安装NSIS
subprocess.run(["sudo", "apt-get", "install", "nsis"], check=True)

# 检查NSIS是否成功安装
proc = subprocess.run(["makensis", "-v"], capture_output=True)
output = proc.stdout.decode("utf-8")
if "NSIS" not in output:
    raise Exception("NSIS installation failed")

# 编译NSIS脚本
subprocess.run(["makensis", "installer.nsi"], check=True)

# 运行生成的安装程序
subprocess.run(["./installer.exe"])

上述示例代码中使用了Python的subprocess模块来执行命令行操作。首先，使用apt-get命令安装NSIS，然后检查NSIS是否成功安装。接下来，使用makensis命令编译NSIS脚本文件installer.nsi，最后运行生成的安装程序installer.exe。

请根据实际情况对示例代码进行修改，确保文件路径和命令行参数正确无误。