要比较R Shiny中两个下拉菜单中的CSV文件，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 在ui.R文件中，创建两个下拉菜单，分别用于选择CSV文件：

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  selectInput("file1", "选择文件1", choices = NULL),
  selectInput("file2", "选择文件2", choices = NULL),
  
  # 添加其他需要的UI组件
)

2. 在server.R文件中，使用observeEvent函数来监视下拉菜单的变化，并读取所选的CSV文件：

server <- function(input, output) {
  observeEvent(input$file1, {
    file1 <- input$file1
    data1 <- read.csv(file1$datapath)
    
    # 进行其他操作，比如更新下拉菜单的选项或显示数据
  })
  
  observeEvent(input$file2, {
    file2 <- input$file2
    data2 <- read.csv(file2$datapath)
    
    # 进行其他操作，比如更新下拉菜单的选项或显示数据
  })
  
  # 添加其他需要的server函数逻辑
}

3. 如果需要，您可以在observeEvent函数中添加其他操作，比如更新下拉菜单的选项或显示数据。

请注意，以上代码示例仅包含了基本的文件读取和触发事件的逻辑。根据您的具体需求，您可能需要添加额外的代码来完成您的比较和数据处理逻辑。