下面是一个避免矩形覆盖坐标轴的示例代码：

import matplotlib.pyplot as plt

def plot_rectangles(rectangles):
    fig, ax = plt.subplots()
    ax.set_xlim(0, 10)
    ax.set_ylim(0, 10)

    for rect in rectangles:
        ax.add_patch(rect)

    plt.show()

def create_rectangles():
    rectangles = []
    rect1 = plt.Rectangle((2, 2), 3, 3, fc='r')
    rect2 = plt.Rectangle((5, 5), 2, 2, fc='g')
    rect3 = plt.Rectangle((7, 7), 1, 1, fc='b')

    rectangles.append(rect1)
    rectangles.append(rect2)
    rectangles.append(rect3)

    return rectangles

rectangles = create_rectangles()
plot_rectangles(rectangles)

这段代码使用matplotlib库来绘制矩形，并确保它们不会覆盖坐标轴。create_rectangles函数创建了三个矩形对象，然后将它们添加到一个列表中。plot_rectangles函数将矩形列表作为参数，并使用matplotlib库将这些矩形绘制在一个图形中。通过调用ax.set_xlim和ax.set_ylim函数，我们可以设置坐标轴的范围，确保矩形不会超出这个范围。最后，调用plt.show函数显示绘制好的图形。