在处理输入目录时，可以使用一个集合（Set）来存储已经遍历过的根节点或子节点。每当遇到一个新的根节点或子节点时，先判断集合中是否已经存在该节点，如果存在，则跳过该节点，不处理；如果不存在，则将该节点添加到集合中，并对该节点进行处理。

下面是一个使用Python语言的示例代码：

# 用于存储已经遍历过的根节点或子节点的集合
visited_nodes = set()

# 遍历输入目录中的根节点或子节点
for node in input_directory:
    # 判断该节点是否已经存在于集合中
    if node in visited_nodes:
        continue  # 跳过重复节点
    
    # 处理该节点
    process_node(node)
    
    # 将该节点添加到集合中
    visited_nodes.add(node)

在上述示例代码中，我们首先创建了一个空的集合visited_nodes，用于存储已经遍历过的节点。然后，我们使用一个循环遍历输入目录中的根节点或子节点。在每次迭代中，我们先判断该节点是否已经存在于集合中，如果存在，则跳过该节点，继续下一次迭代；如果不存在，则对该节点进行处理，并将该节点添加到集合中。

通过使用集合来记录已经遍历过的节点，我们可以有效地避免使用输入目录中的重复根节点或子节点。