并行化使用OpenMP的Needleman-Wunsch算法
创始人
2024-12-18 18:00:12
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Needleman-Wunsch算法是一种常用于比对两个字符串的算法。该算法的串行实现效率较低,因此可以通过使用OpenMP进行并行化来提高效率。

以下是基于OpenMP的Needleman-Wunsch算法的示例代码:

#include 
#include 
#include 
#include 

int max(int a, int b, int c) {
    int m = a;
    if (b > m) m = b;
    if (c > m) m = c;
    return m;
}

int main() {
    char *s1 = "AGTACGCA";
    char *s2 = "TATGC";

    int n = strlen(s1);
    int m = strlen(s2);

    int **score = (int**) calloc(n+1, sizeof(int*));
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        score[i] = (int*) calloc(m+1, sizeof(int));
    }

    int gap_penalty = -2;
    int match_score = 2;
    int mismatch_score = -1;

    double start_time = omp_get_wtime();

    // Initialize the score matrix
    for (int i = 1; i <= n; i++) {
        score[i][0] = i * gap_penalty;
    }
    for (int j = 1; j <= m; j++) {
        score[0][j] = j * gap_penalty;
    }

    // Compute the score matrix
    #pragma omp parallel for
    for (int i = 1; i <= n; i++) {
        for (int j = 1; j <= m; j++) {
            int match = score[i-1][j-1] + (s1[i-1] == s2[j-1] ? match_score : mismatch_score);
            int delete = score[i-1][j] + gap_penalty;
            int insert = score[i][j-1] + gap_penalty;
            score[i][j] = max(match, delete, insert);
        }
    }

    double end_time = omp_get_wtime();
    printf("Time: %f\n", end_time - start_time);

    // Print the score matrix
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        for (int j = 0; j <= m; j++) {
            printf("%d ", score[i][j]);
        }
        printf("\n");
    }

    // Free memory
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        free(score[i]);
    }
    free(score);

    return 0;
}

在此示例中,我们使用OpenMP的“parallel for”指令并行化了计算得分矩阵的循环。因此,对于每个i,j的组合,都会生成一个线程来计算它们的得分。

值得注意的是,并行化Needleman-Wunsch算法并不能总是

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