Biopythonncbiblast函数返回的.xml结果文件解析困难。
创始人
2024-12-19 01:30:16
0

可以使用Biopython中的SearchIO模块来解析NCBI BLAST的结果文件。以下是一个示例代码,它读取并解析BLAST的XML输出文件,并打印出每个匹配结果的相关信息:

from Bio import SearchIO

# 读取结果文件
result_handle = open("blast_results.xml")

# 使用SearchIO解析结果文件
blast_qresult = SearchIO.read(result_handle, "blast-xml")

# 打印每个匹配结果的相关信息
for hit in blast_qresult:
    print(hit.id, hit.description, hit.evalue)
    for hsp in hit:
        print(hsp.query_start, hsp.query_end, hsp.hit_start, hsp.hit_end, hsp.evalue)

其中,SearchIO.read()方法将NCBI BLAST XML文件的文件句柄和格式作为参数,返回QueryResult对象。通过遍历这个对象的hit和hsp属性,可以直接访问BLAST输出文件的相关信息。

相关内容

热门资讯

一分钟透视!德普之星私人局辅助... 一分钟透视!德普之星私人局辅助器(透视)详细透视辅助软件(有挂技巧)1、实时德普之星私人局辅助器开挂...
七分钟脚本!aa poker辅... 七分钟脚本!aa poker辅助,aapoker辅助软件合法吗,科技教程(有挂介绍)运aapoker...
8分钟辅助挂!德普之星辅助器,... 8分钟辅助挂!德普之星辅助器,德普之星私人局透视,攻略教程(有挂黑科技);运德普之星私人局透视辅助工...
十分钟脚本!aapoker脚本... 十分钟脚本!aapoker脚本怎么用,aapoker透视插件,揭秘攻略(有挂科普)1、每一步都需要思...
四分钟透视!德普之星私人局辅助... 四分钟透视!德普之星私人局辅助器(透视)详细app安卓版破解版(有挂介绍)德普之星私人局辅助器是一种...
透视脚本!aapoker怎么控... 透视脚本!aapoker怎么控制牌(透视)详细俱乐部靠谱辅助插件(有挂秘籍)1、完成aapoker怎...
九分钟辅助挂!德普之星辅助工具... 九分钟辅助挂!德普之星辅助工具如何设置,德扑圈透视,安装教程(有挂教程);在进入德普之星辅助工具如何...
五分钟脚本!aapoker发牌... 五分钟脚本!aapoker发牌逻辑,aapoker ai插件,wepoke教程(有挂总结)1、aap...
5分钟辅助挂!德普之星透视辅助... 5分钟辅助挂!德普之星透视辅助,德普之星辅助器,教你攻略(有挂教程)亲,关键说明,德普之星透视辅助赛...
透视脚本!aapoker怎么提... 透视脚本!aapoker怎么提高中牌率(透视)详细俱乐部靠谱辅助神器(有挂黑科技);所有人都在同一条...