这个问题可能是由于没有正确调整矩形大小或位置所致。你可以在调用pygame.draw.rect绘制矩形前，使用pygame.Rect的move方法和inflate方法来调整矩形的位置和大小。

以下是代码示例：

import pygame

pygame.init()

# 设置窗口
win_width = 800
win_height = 600
win = pygame.display.set_mode((win_width, win_height))
pygame.display.set_caption("Boids Algorithm")

# 定义颜色
white = (255, 255, 255)

# 定义一个矩形
rect = pygame.Rect(0, 0, 50, 50)
rect.center = (win_width // 2, win_height // 2)

def draw_rect():
    # 将矩形移到窗口中央，同时将矩形的大小增大一倍
    rect.move_ip((win_width // 2 - rect.centerx, win_height // 2 - rect.centery))
    rect.inflate_ip(rect.width, rect.height)
    # 绘制矩形
    pygame.draw.rect(win, white, rect)

# 主循环
while True:
    # 事件处理
    for event in pygame.event.get():
        if event.type == pygame.QUIT:
            pygame.quit()
            sys.exit()

    # 绘图
    win.fill((0, 0, 0))
    draw_rect()
    pygame.display.update()

在这个例子中，我们在每次绘制矩形前都会将矩形移到窗口中央，并将矩形的大小增大一倍，这样就可以正确显示矩形了。