首先，需要确定IBM WAS 9错误的具体错误消息。根据错误消息，可以确定是哪个方法引发了错误。然后，可以尝试以下解决方法：

1. 检查依赖项：确保WAR文件的所有依赖项都正确安装和配置。可能需要检查类路径和库文件是否正确。

2. 检查配置文件：检查WAR文件中的配置文件是否正确配置。特别是检查与出现错误的方法相关的配置项。

3. 日志记录：在方法的前两次调用时增加日志记录，以便查看详细的错误信息。这可以帮助定位问题所在。

4. 调试代码：可以使用调试器来跟踪代码的执行过程，以确定在第三次调用之前发生了什么。可以通过在关键代码段周围添加断点来实现。

下面是一个示例代码，演示如何在Java中使用日志记录来调试问题：

import org.slf4j.Logger;
import org.slf4j.LoggerFactory;

public class MyClass {
    private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(MyClass.class);

    public void myMethod() {
        logger.debug("Entering myMethod");

        // 在这里执行方法的代码

        logger.debug("Exiting myMethod");
    }
}

在WAR文件中的相关方法的前两次调用之前添加类似的日志记录语句，然后查看日志输出以获取更多详细信息。

请注意，这只是一种可能的解决方法。具体的解决方法可能因具体情况而异，需要根据错误消息和代码进行调试和分析。