问题描述：在Cytoscape中安装EnrichmentMap Pipeline Collection出现问题。

解决方法：在安装EnrichmentMap Pipeline Collection之前，需要先安装EnrichmentMap插件。如果已经安装了EnrichmentMap插件但仍然无法成功安装EnrichmentMap Pipeline Collection，则可能是因为网络连接问题或Cytoscape版本不兼容等原因。解决方法为将EnrichmentMap Pipeline Collection的zip文件下载并手动安装。

具体步骤及代码示例：

1. 首先在Cytoscape菜单栏中选择“Apps”-“App Manager”-“Install from File”，然后选择下载好的EnrichmentMap Pipeline Collection的zip文件进行安装。

2. 如果安装失败，则需要手动安装。首先需要将EnrichmentMap Pipeline Collection的zip文件解压缩，并将其放置在Cytoscape应用程序文件夹下的“dropins”文件夹中。然后在Cytoscape中选择“Apps”-“App Manager”-“Installed”，找到EnrichmentMap Pipeline Collection并选择“Reload”.

代码示例：

安装EnrichmentMap Pipeline Collection

install_app_from_file("http://apps.cytoscape.org/download/enrichmentmappipelinecollection/1.3")

解压缩EnrichmentMap Pipeline Collection

unzip("EnrichmentMap_Pipeline_Collection-1.3.zip", exdir = "Cytoscape.app/dropins")

手动安装EnrichmentMap Pipeline Collection

install_app("EnrichmentMap_Pipeline_Collection-1.3")

重新加载EnrichmentMap Pipeline Collection

reload_app("EnrichmentMap Pipeline Collection")