要解决此问题，可以尝试以下代码示例：

1. 首先，确保已经安装了RubyGems。可以使用以下命令检查是否已安装：

gem --version

如果未安装RubyGems，则需要先安装它。可以使用以下命令安装RubyGems：

sudo apt-get install rubygems

2. 如果已经安装了RubyGems，但仍然遇到问题，则可能是由于RubyGems的版本不兼容所致。可以尝试更新RubyGems到最新版本。可以使用以下命令更新RubyGems：

gem update --system

3. 如果上述步骤仍未解决问题，则可以尝试清理Gem缓存并重新安装RubyGems依赖项。可以使用以下命令执行此操作：

gem cleanup
bundle install

4. 如果仍然无法解决问题，则可以尝试手动删除Gem目录并重新安装RubyGems依赖项。可以使用以下命令删除Gem目录：

rm -rf ~/.gem
bundle install

请注意，执行此命令将删除所有已安装的Gem，并且需要重新安装所有Gem依赖项。

以上是一些常见的解决方法，可以尝试解决“Bunder正在安装RubyGems依赖项，而不是版本在gem目录中。”的问题。但是，具体解决方法可能因个人环境和项目配置而异。如果问题仍然存在，请查看相关错误消息，以获取更多信息，并在互联网上搜索特定于您的问题的解决方案。